(三)执法不严

    为了保障公民的宗教信仰自由权利，我国管理宗教的行政部门加强了对宗教问题的行政执法力度，但从现实情况来看，还存在许多问题。第一，执法部门权力过大。我国各级宗教事务部门，落实、执行相关的宗教法规、行政命令及宗教政策的同时，对宗教事务进行行政监督、管理。但在实际操作实践中，宗教事务部门以行政管理手段过多涉入宗教团体的内部事务，放大了自身权力，同时干涉了一部分信教群众的宗教信仰自由权。第二，以行政法规来调整宗教法律关系也存在不合理之处。根据《行政法规制定程序条例》第31条的规定，行政法规的立法者又可以解释法规，对于这一过程，宪法也没有相关的约束性的规定。这样，管理者就可以超越法律行使权利，在行政法规面前，管理者与被管理者的地位完全不平等，这样既损害了宪法、法律的尊严、权威，也不能实现法律的公平、正义。第三，行政执法体制还不协调。从执法主体看，某些地方在体制改革后，宗教事务管理部门列入统战部门，显然统战部门不是行政机关，因而也就不具备行政执法主体的资格。从执法情况看，大多数宗教违法行为发生在宗教活动场所之外，有权执法的部门则疏于管理。由于宗教信仰自由涉及公民政治权利，有权利执法的部门在对宗教事务执法时过于谨慎，甚至不敢或故意放纵不去制止宗教活动中的违法行为，导致现有的宗教执法体制与普通行政执法体制不协调。

(四)司法救济薄弱

    宗教权利甚至可以划分为基本人权的范畴。而中国特色社会主义法律体系中没有任何法律、法规、规章、地方条例对公民宗教信仰自由权利受到侵害时如何开展救济作规定，这既不符合宪法的规定，也不符合基本人权的要求。对公民而言毫无法律上的救济途径，出现宗教信仰权利受到侵犯等问题，只能求救于宗教事务局等行政机关，但行政机关不能取代司法机关的作用，且容易引起责任不清，权利不明等问题，甚至引发信教群众对政府的敌对情绪，这样不仅对宗教事务管理不利，还可能产生新的社会矛盾，这给我国的宗教管理带来更大的麻烦。