信教群众自治也是宗教自治的一个重要方面。南通市民族宗教局在开展宗教乱象治理方面，充分发挥信教群众自治的优势，取得了很好的成效。在我国农村，违法乱建寺观是十分普遍的宗教乱象之一。南通也不例外，以南通市某县(市、区)为例，行政区域面积仅215平方千米，违建寺观就多达28处，累计建筑面积1.2万m2，而这其中又以100 m’以下的居多。这些违建寺观大多属于无用地手续、无规划报建手续、无建筑施工许可的“三无”建筑，缺乏宗教文化内涵，场所管理秩序混乱，存在占用土地、封建迷信、财务纠纷、消防安全等一系列的隐患问题。长期以来，为治理违建问题想了很多办法，政府宗教事务管理部门出了很多力气，但总是收效甚微，甚至有愈演愈烈之势，另政府管理者头疼不己。

    2015年5月，南通市委市政府下发了《关于加强违规乱建寺观专项管理工作的意见》，在全市范围内开展了违规乱建寺观专项整治工作。在这次专项整治工作中，相比于此前的工作方式，更加注重了运用宗教治理的理念开展工作。一是发挥多元主体共治作用。建立网格化管理网络，在各镇区、街道、村(社区)、村民小组、学校、企业等层面建立网格，充分发挥基层群众的积极性，明确网格员，收集基层动态信息，及时上报各类苗头性问题，对违建寺观活动情况预警报告。争取宗教界人士的支持，鼓励有威望有身份的教职人员深入信教群众现身说法，合理安置神佛像，引导信众到合法寺观参加活动。二是更加注重协商互动。在开展专项整治工作前，市民宗局牵头成立专题调研组，深入全市20个乡镇和街道调研，了解信教群众的切实需求，听取信教群众的合理建议，提出了全市中长期宗教活动场所科学合理布局的指导意见。在此基础上，按照“疏堵结合、分类管理”的原则，严格根据“纳入管理一批、依法规范一批、布局调整一批稳妥取缔一批”的工作要求，形成“一处一册”、“一处一策”工作细化方案。同时将处置措施向信教群众反馈，争取信教群众的理解和支持。三是建立整体联动机制。按属地管理原则，成立以党委政府主要领导为组长的领导小组，建立“一心一体多元”(以党委为核心，政府为主体，公安、城管、规划、宣传、宗教等职能部门配合)整体联动机制。签订责任书明确责任，将违建寺观整治工作纳入了县(市)区、乡镇(街道)、村居(社区)社会综合治理的考核范围，纪委牵头考核部门成立了专项工作督查组，按目标任务和时间节点定期督查，并将督查结果纳入党政绩效考核。通过运用社会治理的理念，全市先后己稳妥处置144处违建寺观，取得较好的成效。