宗教认知科学业己在解释宗教传统的普遍性方面做出了一定的成绩，根据现有的宗教认知理论，人的前意识使宗教的起源成为一件轻而易举的事，而人的认知属性又使得那些“合拍”的宗教元素得以留存，并在文化传播的过程中被选择。无论如何，从人类的共同认知特征入手去探索宗教的起源与传播，然后追根溯源回到产生这些思想的认知机制，这样一种思路是可取的，实践证明也是行之有效的。

    纵然如此，我不得不说，到目前为止宗教认知科学仍是一项进步中的事业，利用人的认知机制解释宗教思想及行为，还有许多悬而未决的问题，而宗教认知科学自身存在的一些局限性，致使其只是在有限的范围内具有接受度，仍需要学者们努力，概括地说，宗教认知研究的不足主要表现在以下两个方面:

    一方面，认知科学的发展水平制约着宗教认知科学的研究进展。

    包括宗教认知科学在内的认知科学，其最终目标是实现一种综合性的科学解释，这就需要开放地吸纳和借鉴诸多相关领域的理论成果，比如影响认知机制构建和功能的生物学及物理学、神经化学知识。而认知科学家承认，以人类现有的知识水准，完全揭示人的认知神经生理基础是无法实现的，这就意味着，人类还不能对自己的思维工作方式提供一种完美的综合性理解模式。虽然认知科学己取得相当重要的发展成就，比如不同的记忆功能与特定的脑区域有关联，然而这些所谓与记忆相关的区域，其确切的神经运行机制还没有被很好地理解。脑神经科学己发现，当人们在从事宗教活动时，特定的脑区域显得更加活跃，但是，这样的研究还不能将普通的思维与宗教思维区分开来。人的情感具有复杂性，科学对情感的把握能力有限，一名热恋中的女子，她对男友的爱、她对父亲的爱以及她对基督的爱肯定是有差别的，但在科学上，我们尚无法用确切的证据做出这样的区分，因为目前的神经生物学知识在解读人的认知心理表征时仍存在局限性。因此，完全基于人类大脑活动的物质条件解读宗教信仰目前还无法实现，也就是说，认知科学发展水平的局限决定着宗教目前并不能完全被清楚地以认知科学方式解释。

    另一方面，单纯通过自然主义方式无法完全解释所有的宗教问题。

    从认知科学的角度看，脑神经科学、生物学、认知心理学都可以介入人类思维的研究，进而参与解释宗教活动，自然主义的方式在找寻物理及化学意义上的实在方面具有先天的优势。但宗教显然不是一维的，对于宗教这样一种颇具历史渊源的社会现象，这样一种错综复杂的思想体系，其产生及存续的原因也一定是复杂的，似乎并不能仅仅根据生物水平和认知功能加以解释。即便宗教认知科学能够说明我们的心理结构是如何强化、约束，并引导我们的宗教经验的，以及宗教经验是如何在人脑正常功能下随着逻辑过程工作的，也不能完全排除其他影响因素的介入，当然也不意味着宗教认知科学能够解释所有的宗教问题。我们说，解释宗教是一个系统工程，宗教认知与进化解释是一种科学解释，科学可以尝试解释宗教，但不能仅仅依靠科学解释宗教。宗教认知解释是自外而内的自然主义方式，如果我们把宗教认知科学的优点界定为纯粹的自然主义解释，那么这同时也是它的缺点。自然主义曾饱受批评，有人认为“(自然主义者)为整个实在提出的抽象图解，忽略了一些事实，而又夸大了另一些事实，因而给出的是一幅被扭曲了的图景。”