宗教认知科学不但没利用宗教的自然主义解释否定宗教、盲目地倒向反宗教的立场，而且在宗教解释中发现了宗教存在的客观合理性。从某种意义上，宗教的认知科学解释否认了宗教源自于伟大的神创，但与此同时，它也批判了那些认为宗教完全来自于主观臆想的论断。认知科学解释可能认为宗教信仰的存在有其合理性，但并不认同宗教教义的合理性。换句话说，即宗教存在合理性不能掩盖宗教信条的问题，从这种意义上说，科学可以在任何时候挑战宗教中那些有关上帝的论述，但任何利用科学解释解构宗教存在合法性的企图也在这里得不到支持。
一部分学者认为，神灵体验中对神的感受和体验是一种心理活动，这种心理活动是没有客观对象的，不过是纯粹主观的、精神性的活动，是由主观的神灵观念和信仰本身激发起来的。所谓的“神”不过是心理幻觉的对象化而变成了有神论的神圣对象。显然，将人的宗教经验解释为纯粹的主观体验并不符合宗教认知科学思想。人的认知器官是客观存在的，人的认知特性具有先天因素且在进化历程中塑造，这些先天的客观条件虽并不必然导致宗教的产生，但会使人对于那些“伟大的超自然存在”情有独衷，这样的倾向是宗教观念产生的潜在原因，可见，将宗教解释为一种纯粹主观的思维现象并不客观。
由于宗教认知科学的自然主义特质，许多人认为它应当遵循自然的法则，也就是说，宗教中不符合自然法则的成分应当被剔除。但是，如果宗教认知科学发现，宗教的产生符合人类的自然法则，可见，宗教的合理性与宗教命题真实性的关系没那么密切。关于身心关系问题，即意识问题，一直以来，论占有统治地位，关联的两样实体，然而随着近代科学的快速发展，在西方哲学史上，笛卡尔的二元人们开始意识到，身心并非毫无相反，二者的关联似乎相当紧密，由此而引发的是一轮对于笛卡尔的挑战，这种挑战的结局是二元论被打破，取而代之的是心智哲学的建立。人类可以用这样一种自然主义的方式解释世界和人类自身，但是，这并不是否认人类思维中的二元论倾向的客观存在。我们都知道，很多儿童都有自己特定的“安慰物”，比如我女儿最喜欢一只名为福牛的2008年残奥会吉祥物毛绒玩具，每天晚上必须搂着它一起入睡。由“谁”来承担“安慰物”的角色肯定具有偶然性，而一旦进入孩子们的世界，这些物品己被他(她)们赋予了相应的“认知”功能，以致于很难被其他物品取代。如果我们把孩子们的安慰物机械地还原为相应的物理或化学存在，只能解释这些物品的材质、生产工艺，显然无法释孩子们为什么那么喜欢它们。圣诞老人代表着欢乐的节日气氛，而它的出现据说是一个商业案例，但是现在看来，
它的产生原因并不那么重要。宗教认知学家将宗教解释为副产品，但它并不否定仍然会有人继续支持上帝。从这个角度看，宗教认知科学应与新无神论不同。
有学者表示，在很多时候，个人思维中是容许超自然与自然解释并存的。尤其是与疾病、物种之起源、死亡之类的事件相关之时。实验研究表明，超自然的解释随着人的年龄增长不降反增，这可以解释为什么宗教在人类历史中经久不衰。①人们喜欢在不放弃对真实性探求的基础上寻求合理性的解释，在宗教人类学文献中，有一个著名的例子，宗教人类学家埃文斯·普理查德详细记录了非洲赞德地区流行的一种巫术。
“在赞德地区，有时旧粮仓会倒塌，这种事情本没有任何特别之处。每个赞德人都知道，随着时间的推移，白蚁会蛀蚀支柱。粮仓用了多年以后，即使最坚硬的木料也会腐朽。现在赞德人家把粮仓用作消夏的处所，白天气温高的时候，人们坐在粮仓下聊天，玩非洲击球入孔的游戏hole-game，或者做手工艺活，这样会有一些人在粮仓坍塌的时候被砸伤，因为粮仓是一个由梁和泥土构成的沉重建筑物，里面还可能储藏着谷物。现在的问题是为什么在粮仓坍塌的这个特定时刻，是这些人正坐在那里?粮仓的坍塌容易让人理解，但是为什么在它坍塌的这个特定时刻是这些人坐在它下面?过了那么多年，它早就可能坍塌了，为什么正好当这些人在这里舒适地乘凉的时候，它却倒塌了?我们解释说粮仓坍塌是因为白蚁蛀蚀了支柱，我们还说人们在那个时候坐在下面，是因为天气很热，他们认为在那里谈话和工作舒适，这才是什么在粮仓坍塌的时候人们正好坐在下面的原因。在我看来，这两个有着各自原因的事实之间的唯一联系是时间和空间的巧合。我们没有解释为什么两原因链在特定的时间和地点交叉，因为它们之间没有相互依赖的关系。赞德思想能够提供这个缺失的链接，阿赞德人知道白蚁在逐渐破坏支柱，他们也知道为了躲避高温和炙热的阳光，人们坐在了粮仓下。但是除此之外，他们还知道为什么这两件事情精确地在同一时刻和同一地点发生，那正是由于巫术的作用。巫术正好可以解释这两件事情的巧合。”
如果纯粹科学的角度看，或许阿赞德人的做法有些荒谬可笑，但是，他们并没有完全将科学的解释排除在外，也没有拒绝理性的分析，只是将这些解释与巫术联系在一起，形成了一套关于生活的综合解释。人类具有悠久的宗教信仰史，目前为止，世界上仍存在为数众多宗教信徒，轻易地断言宗教是荒谬的等同于对人类荒谬性的断言，这样的做法是不负责任的。人类的局限性固然存在，但任何超越其局性的主观努力都值得敬畏，很多看似并不合理的现象其实具有内在的价值。
从这个角度看，理解宗教一定要超越那些非此即彼的简单判断。宗教这样一种复杂怕现象，显然不能用真和假作为判断其存在合法性的唯一依据。生活中，我们尚且无法对诸如“谎言”“放弃”之类的语汇进行纯粹的负面界定，何况宗教这样一种复杂的现象，脱离特定的语境，那些关于合理性的判断是缺乏说服力的。在《写给无神论者》一书中，阿兰·德波顿明确表示，“关于任何宗教，人们提出的最无聊的问题当数，它是否是真的。”
宗教认知科学让人思考的东西远远超过了宗教本身。现在，真正的重要的并非关于上帝真的存在与否的讨论，而是“一旦你确定上帝显然并不存在，又该如何自处呢?”即便你是一个坚定的无神论者，也可以借鉴宗教的思维方式，利用宗教中有用的东西。渐江大学王志成教授在比较希克和库比特宗教实在论与非实在论的时候，明确表示无法对二者进行孰是孰非的判断，王志成表示，虽然他的理智己经倾向于库比特的立场，但感情却倾向于希克。“虽然这在理智上似乎不可能，但是人人不只是具有理智的维度，也有存在、意志、情感、爱的维度。我们如果从整体主义的立场出发，把人视为同时具有存在、智慧和喜乐三个维度，那么我们几乎可以把实在论和非实在论这两种对立的理论结合起来。”当然，任何自由的个体都有权利向超验的世界开放，自然主义也有权利按自己的方式解释世界。
作为一种宗教的科学解释，宗教认知科学可以有效防止宗教极端主义，降低盲目的信仰对人类具有正面意义。比如关于雷的现代科学解释，己经使人们对雷神的信仰降低了预期。宗教信仰的合法领域一定会发生变化，日益进入私人生活，比如情感沟通与人际交往，这些科学无法全面染指的部分。笔者曾经有过一次亲身经历，在火车上邂逅一位笃信基督教的老大娘，她向我讲述了信主的种种好处，多数都是普通宗教徒所说的那些仁慈与爱的内容，但后来她说，向主祈求会得到一些米面油之类的回报，这样的言辞颇令我吃惊。功利主义是一种宗教信仰中司空见惯的心态，尤其在中国自古以来并不鲜见，但对宗教的偏信与盲从是一件可怕的事。近年来，民间宗教信仰持续增涨，有很多信仰其实己远离了真正意义上的宗教，更多地与迷信结盟，这样一种趋势颇令人担忧。我并不确认宗教认知科学能立杆见影地解决这些问题，但科学地解释宗教，能够持续地使信仰更趋于理性和客观，这无疑具有现实意义。
我们身处二十一世纪，面临高度发达的科技水平与现代社会的道德困境之间的矛盾，使得人类越发清楚地看到实证主义的科学理性的局限性，如何处理科学技术、民主法制、伦理道德三者之间的关系显得尤其重要，所以，对于科学与信仰关系的反思也正当其时。有一个事实必须得承认，当代的宗教信仰不能压抑科学理性，而必须与科学理性协调起来，这也是为什么当代西方基督教神学家努力寻求宗教理论与科学思想相融通的原因。
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