有人认为宗教法人认证制度实质上的严格化并没有违反法律，只是在不抵触法律前提下的灵活运用。但是该种灵活运用违反了作为宪法前提的法的支配原则或法治主义原则。虽然法的支配原则在宪法中没有明确表述，但作为宪法31条、97条、98条的根据而被归入到宪法的原理之中。在民法等私法领域有法无明文规定即自由的说法;而在行政法等公法领域有法无明文规定即禁止的表述。法的支配即国家权力(公权力)的行使应严格按照现行的法律来行使，在法的支配原则下，宪法被定位为制约国会的法;依据司法审查权，违反宪法的立法行为无效，同时，法的支配原则也依法对行政行为进行统制，要求依法行政。依法行政不仅要依宪法和法律行政，在法无明文规定时，行政行为也必须合乎宪法原则。

    违反法的支配原则的明显例子就是宗教团体三年活动实绩的认证问题，其法律依据是文化厅宗务课下发的实施细则。文化厅宗务课公布的这些实施细则、答复等规范性文件只是主管部门具体行政的依据，仅仅只对其内部行为进行规制，不涉及宗教团体。但事实上，对主管部门内部行为的规范己经渗透到了其外部行政行为，导致行政相对人的权利义务受到了严重的影响，宗教团体面对设立的严苛条件，不得不委曲求全。对三年活动实绩进行审查，违背了法的支配原则的初衷，即通过立法权来控制行政权，进而阻碍了行政法治主义的发展。