首先，从文化厅发给各都道府县知事的《关于宗教法人认证事务的通知》中可以窥见一斑。《通知》要求各主管部门在进行认证时，对于申请者宗教团体的礼拜设施，可以到实地进行调查确认;对于宗教团体信徒及人数可以采取合适的方法确认。上述要求在《宗教法人法》及其细则中并没有规定，也并不是《宗教法人法》制定以来的实施惯例。在该《通知》以前，主管部门只根据该团体关于礼拜设施、财产的申报，最多要求附加照片来认证审查，这无疑增加了主管部门的工作量及认证的难度。对于信徒人数采取合适的方法进行确认，这一点上主管部门无疑具有很大的自由裁量权，容易滋生权力寻租的现象。

    其次，是宗教团体申请认证时需要提交过去3年活动实绩的有效证明。1997年2月5日文化厅发布的《关于宗教法人认证的审查基准(留意事项)》中首次提出了三年活动实绩的规定，并明确规定为宗教法人设立时进行内部章程认证的规则。证明三年活动实绩的证明材料和申请认证时提交的差不多，但要求提交三年来的会议记录、所进行宗教活动的记录及照片等还有这三年来的所有收支预算书和决算书。从主管部门受理该宗教团体认证之日起前三年推算出活动实绩的起算点。上文说过从宗教团体申请到主管部门受理之间存有一段时间差，主管部门的实绩调查都是在这一段时间内进行，实际上更拉长了设立宗教法人的时间。成立宗教法人需要经过三年以上时间的观察，既存的宗教团体在申请法人认证时的前三年就得依照宗教法人的模式制定内部章程，并严格按照章程来经营运作，是否太严苛了呢?

    最后，主管部门在进行认证时还需要考虑该宗教团体是否具有成为宗教法人的永续性。宗教法人的永续性即该宗教团体成为宗教法人后有持续经营的能力，不至于成立不久就宣告解散。对宗教团体永续性的判断不像公司那样有硬性的标准比较容易，而对宗教团体永续性的判断是抽象的、复杂的。该宗教团体的礼拜设施容易灭失，该宗教团体住持、教师没有后继者，该宗教团体的财产己经被抵押等都有可能影响该团体的存续时间。可见，主管部门对宗教团体永续性的考量具有更多的自由裁量，无疑也增加了认证的难度。文化厅下发的关于宗教法人认证的留意事项中的审查标几乎每年都有变化，该留意事项本身是否符合《宗教法人法》还是个问题。