美国9·11事件的爆发不仅促生了美国应急管理体制的变革，也引起了世界各国对打击与防范恐怖主义犯罪的关注，我国立足本国国情，积极借鉴他国经验，不断加强对反恐领导指挥机制、组织协调机制、行动机制的构建与完善。在对宗教极端主义犯罪侦防工作的组织领导方面，我国于2001年在中央成立了国家反恐怖工作协调小组，2013年8月升级为国家反恐怖工作领导小组，是国务院议事协调机构，隶属于公安部反恐局，负责综合领导与协调我国反恐工作;并在设区的市级以上地方政府设立反恐怖主义工作领导机构，县级政府根据需要设立反恐怖主义工作领导机构，负责本区域内反恐工作的组织和协调。综观我国宗教极端主义犯罪侦防工作的的全局，已初步形成了自上而下的垂直领导体制。然而当前的领导与组织协调体制主要适用于公安机关内部，隶属于公安部的反恐工作领导小组能否有效指挥协调武警部队、人民解放军以及其他社会力量?能否避免反恐工作中出现责权不清、相互推诱的状况?我国当前的宗教极端主义犯罪侦防体制中尚且欠缺一个超越各部门的、能够有效领导、指挥、协调各部门行动的组织机构。

    2013年11月党的十八届三中全会决定，设立国家安全委员会，成为我国第五大常设国家机构，以完善国家安全体制和国家安全战略，确保国家安全，成为了应对关涉我国国家安全和利益的各类事件的最高领导和决策机构。237但国家安全委员会可否具体主导、协调反恐工作尚无明文规定。鉴于当前实践中公安机关内设反恐工作领导小组难以有力领导指挥军队及社会各界反恐力量的问题，我们建议提高反恐工作的领导与协调层级，在中央设立隶属于国家安全委员会的反恐工作领导机构，统筹协调全国反恐工作，主要负责反恐工作的决策及指挥、综合研判涉恐情报信息、组织调度各行动机构、协调监管各协作部门，反恐工作领导机构内部依据具体职责分设职能部门。在国家安全委员会下设反恐工作领导机构，是超越公安机关、国家安全机关、军队及其他各部门的更高层级的指挥协调者，有利于有效整合恐怖主义犯罪的侦查主体、防控主体及协作主体等各方力量，有助于打击与防范宗教极端主义犯罪的整体布局和统一行动，能够优化警力资源及社会资源的集约配置，促进宗教极端主义犯罪侦防工作的高效运行。