开成四年(839年)六月初七，船队到达赤山浦，该地有新罗人张宝皋修建的法华院，圆仁一行四人再次离开船队，留住赤山法华院，滞留一冬之后，在登州诸军事押衙张泳的帮助之下，由淄青节度使批准，获得巡礼天台的许可。开成五年((840年)二月，圆仁由赤山浦至登州北上，莱州、青州(益都)、淄州 (山东淄川)、齐州(山东历城)、德州、贝州(河北清河)、冀州、赵州、行唐，西北向太行山，五月十六日到达清凉山北麓。第二卷叙述由山东经河北抵达山西五台山巡礼圣地的经历见闻。

    圆仁于四月二十八日望见中台，后参拜西北东各台，遍巡灵迹，拜访玄鉴、志远等佛家名师，并呈递日本延历寺疑义三十条，请求解疑答惑，抄录日本未见天台秘篮，得书三十四部三十七卷。圆仁留居五台山五十余日，七月七日，拜别灵山，前往长安。途经忻州(山西忻县)、太原、河中府(绛州)、由龙门渡黄河，穿朝邑、栋州，于开成五年八月二十二日，抵达都长安。到达后，请命于左街功德使，被命居资圣寺。当时的长安高僧云集，圆仁“学西部秘法于大兴善寺翻经院之元政和尚，青龙寺东塔院之义真和尚;问金刚戒于青龙寺之法润和尚，受胎藏仪轨于玄法寺之法全和尚，更承止观于酸泉寺之宗颖和尚、大兴善寺之文悟阁梨、大安国寺之元简阁梨，皆有所启迪。”’‘，圆仁还跟从南天竺宝月三藏重学悉昙。长安三年，圆仁得胎藏金刚两部曼茶罗，诸尊坛样、道具等二十一种，搜获经论、章疏、传记四百二十三部五百五十九卷。武宗会昌元年(845年)圆仁请求回国，未获允许。会昌三年五月二十五日，开始彻查外国僧侣，圆仁不得不具碟说明。第三卷叙述由五台山巡礼，参渴名僧、抄天台典籍及西赴长安受密宗刚界大法、胎藏界法等的经历与见闻。

    第四卷叙述唐武宗会昌灭佛及归国等情况。会昌三年七月二十四日，圆仁弟子惟晓卒，圆仁更感深造进修已无可能，求速归本国。会昌五年圆仁被迫还俗，也因此得到归国机会。五月十六日离开长安，经郑州、汁州、泅州(安徽盯胎)而下维扬，复出楚州、海州，穿密州(山东诸城)、莱州(山东掖县)而抵文登之新罗所，以待使船回国.宣宗大中元年(847年，日仁明天皇承和十四年)九月，搭乘新罗人金珍的商船回国。九月十七日到达博多。后圆仁入京。《行记》记载至此结束。’‘