圆仁带着日本延历寺僧人三十条未决教义,来到中国,向唐朝高僧求法学习。
法期间,他与中国的僧人广泛接触,《行记》中对这一方面的记载不少。圆仁与中国僧人的交往,主要包括拜见高僧,请求答疑,五台山大华严寺的志远和尚
就为圆仁带来的未决疑义解疑答惑;圆仁在中国求法期间,听各派高僧讲经,断提高自己的佛学修养,还向高僧虚心求教学习,如跟随扬州开元寺的元显学习悉昙之后留居长安期间又向天竺僧人学习.圆仁在中国的求法活动还有一个重要内容就是抄写佛教经卷、图画佛像,以备日后带回日本,他的这些活动也都得到了当时中国僧侣的大力协助。圆仁在唐朝的活动本身是中日佛教文化交流的重要内容,为日本佛教特别是天台宗的繁荣做出了重要的贡献。
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留居中国近十年时间,圆仁与许多中国人结下了深厚的情谊,武宗灭佛开始后,圆仁离开长安时,李元佐、杨静之“殷勤相助”气赠物相送,在登州,衙张咏为其归国竭力相助,《全唐诗》中收录栖白的《送圆三藏归本国》,“家山临晚日,海路信归挠。树灭浑无岸,风生只有潮。岁穷程未尽,天末国仍遥。己入闽王梦,香花境外邀。”,。
圆仁归国时,除携带大量的佛教经卷外,还还带回了不少的汉书汉籍。据圆仁的《入唐新求圣教目录》}o记载,他归国时随商船带回的诗文集和杂书有:《大唐新修宣公卿士庶内族吉凶书仪》三十卷(郑余庆重修定)、《开元诗格》一卷、《抵对义》一卷、《判一百条》一卷(骆宾王撰)、《祝无膺诗集》一卷、《杭越寄和诗集》一卷、《诗集》五卷、《法华经廿八七言诗》一卷、《嗣安集》一卷、 《百司举要》一卷、《两京新记》三卷、《皇帝拜南郊仪注》一卷、《丹凤楼赋》一卷、《诗赋格》一卷、《私越唱和诗》一卷、《仆郡集》一卷、《庄翱集》一卷、 《李张集》一卷、《杜员外集》二卷、《台山集))、《杂诗》一卷、《白家诗集》六卷。这些诗文集和杂书进入到日本社会,对日本文化的发展,以及日本汉学的形成和发展,起到了一定的奠基作用。”
圆仁对日本佛教,特别是日本天台宗的发展,作出了重大贡献。日本天台宗自最澄大师开创,至圆仁时比靓山的基础设施才逐步完备,在日本佛教界的地位才一得以巩固。圆仁在唐朝求法巡礼的经历也为他赢得了许多荣誉,受到了日本佛教界、皇室以及广大信众的爱戴,声名远播,在成为延历寺座主之后,更为弘扬天台教义做出了不懈的努力。圆仁是继空海师后再次在日本朝野掀起密教热的主要倡导者之一。当时以东寺、高野山为中心的真言宗因为没有著名的高僧,而圆仁在唐十年的求法经历被人广泛传颂,一时间天台密教风靡朝野,势力和影响都超过真言宗。
此外,圆仁还著有《金刚顶经疏》7卷、《苏悉地经略疏》7卷、《法华入门观心绝对妙释》、《法华本门观心十妙释》、《寂光土记》、《真言所立三身问答》以及《显扬大戒论》等著作。他积极倡导“显密一致”的观点,特别是建立总持院后,比散山的密教修持气氛更加浓厚,以致于有把“天台宗的密教”变成“密教的天台宗”的趋势,使得日本的天台教法与密教得到了进一步的结合与发展。
同时圆仁对日本的佛教文化艺术也有多方面的贡献。他在比叙山雕塑了一批佛像,还绘制了一批密教曼陀罗,倡立了比叙山僧众一边行路一边诵经的修行习俗。虽然后来比氰山曾遭焚毁,但仍保留下来一些圆仁当年从唐朝带来的珍贵文物。
公元864年,圆仁法师圆寂,享年71岁。到了日本贞观八年(公元866年),日本天皇追溢他“慈觉大师”称号,同时追溢圆仁的老师最澄“传教大师”溢号。这也算是得到了当时最高的肯定和评价。