卫拉特准噶尔部首领噶尔丹借故哲布尊月一巴在伯勒齐尔会盟之时，与达赖喇嘛特使“抗礼踞坐，大为非理”为由，派兵进入喀尔喀部，1688年(康熙二十七年)秋，喀尔喀蒙古各部被噶尔丹战败，慌乱中三部先后率部南迁。

    在当时的情形下，喀尔喀蒙古三部王公相聚，共同商讨去向，是客观条件所不许的。但是，这也不能排除哲布尊丹巴一世对属下及土谢图汗部王公贵族的直接影响;作为喀尔喀的宗教领袖，他的去向对其他诸部也定会产生影响。在此应指出，1688年8月，土谢图汗被噶尔丹打败后，便奔赴哲布尊丹巴驻地:9月，他们一起各率所属内附清政府。据《朔方备乘》中写道:康熙二十七年春，噶尔丹引众三万，由杭爱山入掠，“别遣将丹津鄂木布由喀喇卓尔浑攻厄尔德尼召。哲卜尊丹巴携土谢图汗妻擎避居额古穆尔。时噶尔丹锋锐甚，喀尔喀众汹惧，有意北投俄罗斯者。哲卜尊丹巴呼图克图曰:‘俄罗斯素不信佛，不可投也，宜归顺大皇帝以投安全耳.’因南走苏尼特部界，驰告急。诏发阿巴哈纳尔部兵，沿淆海防御之。”。额古穆尔是车臣汗的驻地，这里的“喀尔喀众”，显然不是指的漠北喀尔喀蒙古三汗部的全体王公，应是指当时在哲布尊丹巴身旁的部众;同样，这里的u有意北投俄罗斯者”，亦非漠北喀尔喀蒙古三汗部全体，而是当时在哲布尊丹巴身旁的个别人。这样认识、分析当时的情况与环境，既不会夸大哲布尊丹巴一世的个人作用，也没有忽略他的宗教领袖地位的影响，比较合乎情理。妙舟在《哲布尊丹巴传》中对此记载说:哲布尊丹巴问众日:“今而后将如何维持存在耶。”喀尔喀人同声回答曰:“整理我国政治，以图安固，活佛之所知也。”哲布尊丹巴说:“我之北有俄罗斯国，政治平允，然其地一不能传佛教，二则其民之衣据曲于左，我等不可往;我之南有中国，政治亦平允，其国平和安宁，尊崇佛教，即其衣，亦似仙人所服者，国富财多，锦绣娟绒，不可胜数，我等若赴其地，可邀万年之福。”众欣然罗拜，议遂决。《宝贝念珠》在记载哲布尊丹巴给康熙帝的奏章中，也谈到了这一点:“圣主赐我重恩，命我善守经法。我格尊较谕虔心诵佛，不期厄鲁特来，烧我寺院，毁我经法，故今后我亦不知能否仍合圣旨之意而行否。我己早有上朝天国之意，惟以生于塞外，不善言辞，亦不知能否上答垂询，是故未敢前往。我之徒众甚多，如能往依圣上泰平朝政，则愿足矣。圣主素垂恩于我，恳赐我水草良好之牧地，重建寺院。又左右两翼之台吉等，奉我为师，而谓，我如视之可以蒙富，彼等均拟归附……我谓:‘余荷主恩即重且深，我之诚意，必蒙恩纳。尔等如有真心，自可悉从尔便，不必由我代察。