日本侵略者深知藏传佛教对蒙古民族的深刻影响，为了利用藏传佛教服务于其侵略战争，从1932年开始，对藏传佛教进行了一系列改革。1932年12月，兴安总署发布《禁止喇嘛干涉政治之件》。1940年，“满洲国”国务院制定公布了对蒙古喇嘛教政策的纲领性文件《喇嘛教整备要纲》，主要内容是成立喇嘛教宗团，以此作为改革喇嘛教的中心母体;喇嘛中普及国民教育，在重要的大寺庙内设立国民义塾或学校，适当统制喇嘛到西藏长期游学惯例，补助、奖励到日本寺院留学;确立寺庙财政以安定喇嘛生计等。同年，“满洲国”喇嘛教宗团成立，从组织上加强了对藏传佛教的管理和控制。1935年起，派遣青年喇嘛到日本寺院留学，以“养成彻底的对日依存观念”，即将原来的藏传佛教予以日本佛教化。“满洲国”政府还取消了喇嘛免服兵役的政策，强征青年喇嘛入伍、参加劳动等。札奇斯钦认为，“如此基本上否定了蒙古僧侣传统的特权，因之使幼年男儿出家为僧的数字大减。

    在内蒙古西部地区，1937年，蒙疆政权的建立标志着日本在内蒙古西部地区殖民统治体系的正式建立。日伪统治时期，通过《蒙古联盟自治政府组织大纲》、《盟公署官制》和《政厅盟公署官制》等一系列法规，确定盟公署为一级行政机构，盟公署不仅管辖境内的蒙旗，而且还要管辖境内的县、市。军、政分权，盟长、旗札萨克不再掌握军权。公布《顾问部组织法》，由日本人担任各级各类机关顾问，掌握蒙地实权。1939年蒙古联合自治政府废除顾问制，多数日籍顾问转为实任官员，继续操纵盟旗行政。为了控制内蒙古西部地区的经济命脉，对金融、交通、矿产资源、粮食、畜产品、鸦片等实行严格的经济“统制”政策二相继颁布了《盐法》、《贸易统制法》、《物资统制法》等，通过垄断生产、经营，疯狂掠夺蒙疆地区的战略资源，在蒙疆地区大规模生产、销售鸦片，赚取巨额利润，成为蒙疆经济包括蒙古人生活困难的主要原因。在对待藏传佛教方面，为了从思想上麻痹和控制蒙古民族，沿袭关东军的作法，采取保护、控制、利用及逐步改革的政策，以此来博取蒙古族知识分子和王公上层的好感。1940年，蒙古联合自治政府制定《宗教施策》，对藏传佛教采取的总方针是“将喇嘛教对策的重点，放在养成彻底的对日依存观念，以期人数之限制、素质之改革及组织之结成”，并决定采取设立喇嘛教训练所，召开第三次喇嘛大会，派优秀青年喇嘛到日本留学，从高野山聘请日本青年僧侣到当地指导，成立印务处(宗务院)，提高喇嘛素质，改善教义，编纂蒙古文经典等具体措施。根据驻蒙军关于成立喇嘛教团体的指示，1941年召开第三次喇嘛大会，成立了蒙古喇嘛教总会。1943年正式成立喇嘛印务处，作为专门机构，管理蒙古自治邦政府辖区内的寺庙和喇嘛。为培养亲日势力，邀请藏传佛教上层人士访问日本，派遣青年喇嘛去日本留学。