在佛教未传入藏区之前，苯教是吐蕃王朝的国教，也是吐蕃社会唯一的有完整思想理论体系的宗教，在国家政治生活和民众口常生活中起着非常重要的作用。苯教师往往把持朝政，对王朝的一应大事的处理通过打卦问卜来左右。在民间藏人的社会生活中，苯教及其苯教师成为人们行动的口常管理者。拨魔法、驱鬼神，为生者除灾、为死者安葬，祷神乞药、占卜善恶体咎、决定是非之疑。自聂赤赞普至拉脱脱口宁赞普，凡28代赞普都以苯教护国，苯教作为统治人民的精神武器。苯教师则以参政议政来分享王权，王室和苯教被利益链在一起。
但是，这种从原始部落活动走来的宗教有两个明显的弊端。一是每年祭祀天地时的大量屠杀;二是这种基于原始部落社会信仰上的苯教很难适应正在迅速崛起的吐蕃。苯教护国之下的吐蕃王朝，每年秋天要举行的“鹿角祭”;春天要举行的“肢解母鹿祭”;夏天举行的苯教师“视师祭”;平时的“喂桑祭祀”等，动辄宰杀动物数千头。每逢人有疾病，便要向苯教师献祭，需要大量的施舍去赎命。赎命的财物多为牲畜，从一两头牲畜到三千多头牲畜数量不等。这种大规模的宰杀行为，在吐蕃社会个阶层和地方都存在，对吐蕃畜牧业造成严重的损害，制约着吐蕃王朝对内统一，对外开疆拓土的军事行动，也对佛教禁杀是一个极大的挑战。在原始部落基础上形成的苯教信仰已经很难为王朝的崛起去服务。面对国内臣民叛离，邻国之间错综复杂的政治军事矛盾，需要更备有完整的思想体系的宗教作为精神内容来扬帆。于是佛教被王室积极的引进，拉开了佛教与苯教斗争的序幕，也就是藏族宗教史上有名的“佛苯之争”。
松赞干布初信奉苯教，后信奉佛教。在他的大力倡导下，一些僧人从唐朝和喜马拉雅山外涌入西藏，翻译佛经，兴建寺庙。但是在松赞干布死后仅一年，苯教利益集团就掀起了反佛浪潮。据许多藏文史料记载，这一时期许多佛经、佛像被埋或焚毁。到赤松德赞晚期又大力提倡佛教，佛教徒吸取前面失败的深刻教训，迅速将势力伸进吐蕃的政治生活领域来左右王权，为佛教的传播保驾护航。这样引起了佛教跟苯教更加尖锐的对立。赤松德赞为了扬佛，与自己的亲贵大臣相互盟誓永不弃佛。采取严厉的措施打压苯教，颁布一些法令保护佛教，下令吐蕃民众不准信奉苯教，僧人可以参政议政，七户平民须供养一名僧人等。有赫赫战功的大相论·悉诺笃信苯教，坚决反对修建佛寺，不但被罢免，最后还被处死。
苯教在吐蕃民众信仰中其实根深蒂固，佛教虽然顺应了吐蕃王朝迅速崛起的历史需要，在表面上取得了暂时的胜利，但未能彻底改变这一现状，佛、苯之争愈演愈烈。佛、苯之争之所以这样激烈和持久，其实除了对宗教控制权的争夺之外，更是争的对王室的控制权，对吐蕃社会的控制权。佛、苯两家都非常明白，进入王朝政治领域才是护佑自己宗教发展的基石，而佛、苯两家又被吐蕃社会政治势力所利用，代表着不同的利益集团，佛教与苯教实际上成为吐蕃统治阶级内部不同利益集团之间争权夺利的工具。而最高统治者的代表赞普成为这一斗争矛盾的直接指向。因赞普的态度倾向，佛、苯之争的胜负，反反复复形成拉锯战。许多赞普也因此付出了沉重的代价，往往在位不久就被进毒谋杀，直到朗达玛大规模灭佛，才稍有间隙。佛、苯相争导致的直接后果是吐蕃王朝全面崩溃。佛教与苯教也饱受相争带来的沉痛灾难，藏区的民众更是深受其害。因此，双方都开始从中寻求在藏区发展的变革之术以求生存，佛教与苯教便走上了相融之路。
佛教受到多次失败打击之后，改变策略，迎请了比较适合藏区传统观念的佛教大乘密宗大师莲花生入藏做法。采取苯教徒喜闻乐见的咒术和巫术活动，吸收和改造苯教的某些内容。将诸有害之苯教法术大半消灭，苯教中占卜祈福、攘灾拔魔等对民众有利的被吸收进来加以改造。降服苯教“十二丹玛”等地方神，化为佛教的护法神，把许多苯教的教义仪轨借用过来以弘扬佛法，杀生献祭也被象征人畜的各种供祭品所代替。例如用糟耙或酥油制成的人形和动物形代替过去活人或活的动物，以染红色象征血祭等。这些积极主动的吸收、改革、创新，使佛教教义仪轨逐渐贴近藏区民众的传统习惯，消除了对佛教的陌生感和排斥情绪，走上了佛教在藏区的本土化道路，形成了独具特色的藏传佛教。
与此同时，苯教也借鉴吸收佛教的教义仪轨，使其教义理论层次逐渐提升。在教义方面，吸收佛教的无常、业果、慈悲菩提心、十地、六波罗密多等佛教教义来充实苯教。出现了轮回、苦谛、觉悟、解脱、涅架等佛教观念。放弃了杀生献祭，加强了占卜吉凶、崇尚咒术、招福聚财、驱鬼治病、呼风唤雨、祈福攘拔等法术的学习。在宗教仪轨上提倡朝圣和转经，时常诵八字真言，苯教徒用“嗡、嘛、孜、牟、耶、萨、睐、哆”八字真言来代替佛教的六字真言“吨、嘛、呢、叭、咪、吟”;以“雍仲(罢嫡爸U爸李[4]”符号为标志象征永生和固恒。
一系列的举措，完成了苯教由原始宗教向古代宗教的过渡。佛教、苯教从相互斗争、相互排斥的尖锐对立，到相互吸收、相互渗透的水乳交融，构成了佛、苯两教彼此间的既有许多相似之处，又有许多迥然不同的仪轨和教义。佛教扎根藏区社会，形成独具特色的藏传佛教;而苯教也因为吸收借鉴了佛教教理，最终也没有被彻底消灭，其教义仪轨被大量的保存了下来。换言之，佛教通过对苯教内容的吸收和容纳而使自己逐渐本土化，成为独树一帜的藏传佛教。苯教也因对佛教的借鉴和摄取而使自己更为系统化和组织化，借助佛教而保存了下来，形成了“佛中参苯，苯中亦杂佛”的局面。正是这种特殊的宗教环境，直接影响着生活在青藏高原上的藏族社会和藏民生活的各个方面。因此，“欲明了西藏之文化、政治及人民生活之状况，非对于喇嘛教有一种祥确之解剖不为功。这种特殊的宗教环境之下，高原文化丰富多样，披上了浓厚的宗教色彩。人与人、人与自然、人与社会之间的关系被这种浓厚的宗教所包围，宗教也成为高原藏族生态文化的核心内容，熔铸成千古不朽的文化意识，渗透在藏人的血液，渗透在藏区的山川草木、鸟兽虫鱼化作风骨，升华为民族独有的精神财富。
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