梁代慧皎的《高僧传》及元代释念常的《佛祖历代通载》都记载了僧肇的卒年，只有慧皎认为他“晋义熙十年卒于长安，春秋三十有一”，而念常则认为“肇卒年三十有二”。在这里问题倒是不大，因为年龄的不同极可能是因为慧皎按周岁计算，而念常则按虚岁计算。真正引起现代人关于僧肇生平争论的是日本佛教学者缘本善隆。他写有《<肇论)在中国佛教史上的意义》一文，认为中文中四十和三十看起来很像，抄写时误写为三十，所以僧肇死时候应为41岁。李润生先生对《高僧传》中记载的僧肇生平提出质疑，并认为如果缘本善隆的假定成立，则会排除对《高僧传》的质疑，但是他并不赞同爆氏的观点。黄夏年先生认为，按照中国历史的常识，史籍记载的年代出入不会很大，所以我们没有理由怀疑《高僧传》的记载。刘成有教授则从姚兴和僧氰的《大品经序》两个旁证出发，证明僧肇生年应为384年，死时31岁。

    至于僧肇师从坞摩罗什的时间和地点，好象没有什么争议。在((高僧传》中记载:“后罗什至姑藏，肇自远从之，什暖赏无极。及什适长安，肇亦随入。”历史上的一些注释《肇论》的僧人和近代的大多数学者对此都没有什么异议，但是北京大学的许抗生老师和中央民族大学刘成有老师通过一定的考证则认为僧肇赴姑减追随鸿摩罗什法师求学的这一事实不可信。许抗生老师在《僧肇评传》中说，《高僧传》说僧肇“及在冠年，而名振关辅”，并与“竞誉之徒”在长安论辩。其实己是弘始五年(公元403年)，鸿摩罗什则己在弘始三年(公元401年)抵达长安，所以僧肇不可能在冠年之后再去姑减师事罗什。而刘成有老师认为，此说很不可信，因为它与僧肇的学历不尽一致，且属于孤证，仅有《高僧传》中的一句话为证……鸿摩罗什从到达长安至死，约12年之久(401年12月一一413年4月)，这又与僧肇作成《涅梁无名论》后的《奏秦王表》中所说的“肇以人微，狠蒙国恩，得闭居学肆，在什公门下十有余载”相互冥合。此为自证，似不应怀疑。可见，“赴姑藏”之说大有问题。