(一)资金投入问题

    佛教核心理念为利他精神，行医是能够实现利他思想最直接的方式，因此绝大部分的寺院初衷都是了为了践行佛教精神，而不是为了获取经济利益而开办藏医门诊，因此门诊医疗费用、药品价格都非常便宜，但是大部分寺院收入少，开支大，没有多少剩余资金用于门诊建设，包括基础建设、设备购置、人才培训等。因为资金投入不足，一般藏医门诊也买不起炮制珍宝类藏药所需要的金、银、各类宝石以及藏红花等名贵药材，只能制作一般的草药。因为没有资金，很多藏医门诊无法建设制剂室，无法买到或买齐制药设备，更谈不上药品检测等高值设备，因此影响到制剂质量。因为缺乏资金，大部分藏医门诊缺乏人才培训，制约了藏药材鉴别、炮制以及诊疗水平。

    (二)机构身份合法问题

    我们调查的几个藏医门诊，基本属于各方面条件较好的寺院内设藏医医疗机构，除了甘德县夏日乎寺藏医门诊外，都领有正式医疗机构许可证等证件。但是课题组在整个调研期间间接了解到的信息是:我省其它很多寺院内设藏医门诊因为硬件环境、人员资质等各方面的原因，往往无法获得上级医疗行政部门颁发的相关资格证件，因而使得其目前的医疗活动从法律层面来说变成非法，影响到了其服务周边群众的能力。

    (三)制剂能力问题

    国药准字号的藏药品种少，价格高昂，不能满足基层农牧民群众的医疗需求。因此对于藏医医疗机构来说，藏药制剂是决定医疗质量的关键。因为经济能力、人才配置等客观原因，课题组所调查的几个寺院藏医门诊都没有自己独立的制剂室，其藏药制剂大部分只能从本省的其他藏医医疗机构购入。这样一方面提高了制剂成本，另一方面，其它医疗机构的制剂质量难以得到完全保证，况且很多藏医门诊独有的一些秘方，制剂提供方无法提供，影响了藏医门诊的灵活用药。